او در سال ۱۳۴۴ به ایران بازگشت و توسط صفی اصفیا، رئیس وقت سازمان برنامه و بودجه، به عنوان مشاور فنی طرح پژوهش‌های رآکتور اتمی استخدام شد. یک سال بعد، دفتر انرژی اتمی سازمان برنامه و بودجه را بنا گذاشت و خود به مدیریت آن منصوب شد و تا سال ۱۳۴۶ در این مسئولیت باقی ماند.

در سال ۱۳۴۷ به سمت اولین رئیس مؤسسه تحقیقات و برنامه‌ریزی علمی و آموزشی، که بدیل ایرانی مرکز ملی پژوهش‌های علمی (CNRS) در فرانسه بود، منصوب شد. در سال ۱۳۵۳ ریاست سازمان انرژی اتمی ایران را به دست گرفت و این سازمان را بنیان نهاد. اعتماد تا سال ۱۳۵۷ ریاست سازمان انرژی اتمی ایران را به دست داشت.

اکبر اعتماد ساکن فرانسه بوده و در این کشور فوت کرده است.